Les organes de conseil du FOFIFA comprennent :

le Conseil d’Administration est investi des pouvoirs les plus étendus pour administrer le FOFIFA et agir en son nom. Le Conseil d’Administration se réunit au moins deux fois par an, à la demande de son Président ou celle du Directeur Général;
le Conseil Scientifique d’Orientation est chargé de l’évaluation scientifique des résultats, et de l’instruction technique des projets à présenter au Conseil d’Administration;
La Direction Générale est l’organe exécutif du FOFIFA, elle comprend :
– la Direction Scientifique ;
– La Direction Administrative et Financière; et
– La Direction de gestion et de valorisation du patrimoine.