DRA : Département de Recherches Agronomiques
DRFGRN : Département de Recherches Forestières et de la Gestion des Ressources Naturelles
DRZVP : Département de Recherches Zootechnies, Vétérinaires et Piscicoles
DRR : Département de Recherche Rizicole
DRT : Département de Recherche Technologique
DRD : Département socio-économie
CRR : Centre Régional de Recherche
CRR Antsirabe : Centre Régional de Recherche Antsirabe (Vakinankaratra)
CRR Nord : Centre Régional de Recherche Nord
CRR NO : Centre Régional de Recherche Nord Ouest
CRR MO : Centre Régional de Recherche Moyen Ouest
CRR SO : Centre Régional de Recherche Sud Ouest
CRR ME : Centre Régional de Recherche du Moyen Est
CRR Est : Centre Régional de Recherche Est
CRR HPS : Centre Régional de Recherche des Hauts Plateaux Sud

Les organes de conseil du FOFIFA comprennent :

le Conseil d’Administration est investi des pouvoirs les plus étendus pour administrer le FOFIFA et agir en son nom. Le Conseil d’Administration se réunit au moins deux fois par an, à la demande de son Président ou celle du Directeur Général;
le Conseil Scientifique d’Orientation est chargé de l’évaluation scientifique des résultats, et de l’instruction technique des projets à présenter au Conseil d’Administration;
La Direction Générale est l’organe exécutif du FOFIFA, elle comprend :
– la Direction Scientifique ;
– La Direction Administrative et Financière; et
– La Direction de gestion et de valorisation du patrimoine.