Projet EPIBIO-OI phase II :
EPIDEMIOSURVEILLANCE DU FLETRISSEMENT BACTERIEN A MADAGASCAR
Le projet EpiBio-OI est cofinancé par l’Union européenne (Feder InterReg V) et la Région Réunion
Collaborateurs :
1. Titre de l’activité
Description du flétrissement bactérien des Solanacées et du complexe d’espèces Ralstonia solanacearum (ceRs) associé, et évaluation des risques pour les filières de production de Solanacées et d’autres cultures d’importance économique à Madagascar.
Le ceRs héberge des souches génétiquement et phénotypiquement très diverses et qui sont capables d’infecter une large gamme de plantes dont les cultures d’intérêts agronomiques (tomate, aubergine, haricot, etc…) et des cultures d’importance économique (tabac, géranium, etc.). Aujourd’hui, la résistance variétale reste la stratégie de lutte de choix contre le flétrissement bactérien.
2. Responsable de l’activité au sein du FOFIFA
Dr. RAVELOMANANTSOA Santatra Herilalaina, Chercheur en Amélioration et Santé des plantes
3. Chercheurs associés
Dr. Isabelle Robène, chercheur CIRAD-3P, Responsable scientifique CIRAD-3P
Pr. Stéphane Poussier, chercheur UMR.PVBMT-3P
Dr. Fabien Guérin, chercheur UMR.PVBMT-3P
Mlle. RASOAMANANA Hasiniaina, Doctorante de l’Université de la Réunion
4. Objectif de l’activité
Une typologie de la distribution de la diversité génétique des souches du ceRs à Madagascar paraît indispensable afin de continuer à établir la structure des populations de ce complexe d’espèces à Madagascar et de mener des actions pour leur contrôle.
Ce projet a pour but d’effectuer une campagne de collection et de typage des souches du ceRs présentes dans les zones qui n’ont pas encore été prospectées ; et d’évaluer les risques de pour les filières de production de Solanacées et d’autres cultures d’importance économique à Madagascar.
5. Sites d’intervention
Les sites de prospection prévus comprennent les régions : Boeny, Sofia, Diana, Sava, Betsiboka, Atsinanana, Vatovavy Fitovinany, Menabe, Atsimo Andrefana, Ihorombe, Analamanga, Bongolava, Alaotra Mangoro
6. Méthodologie
Pour répondre aux objectifs du projet, la méthodologie est structurée de la manière suivante :
• Prospections de souches ceRs sur les plantes hôtes potentielles dans différentes régions de Madagascar (régions d’interventions prévus) caractérisées par des prélèvements de matériels végétaux géoréférencés présentant des symptômes de flétrissement en vue d’une caractérisation d’éventuelles souches ceRs
• Enquêtes épidémiologiques du flétrissement bactérien causé par le ceRs
• Phylotypage des souches isolées de la prospection
• Evaluation du comportement des ressources génétiques de Solanacées et des cultures d’importance économique à Madagascar vis-à-vis de la diversité de ceRs identifiée.
Un doctorant de l’Université de la Réunion basé au Cirad-3P, Saint Pierre (La Réunion) et des stagiaires en Master 2 de l’Université d’Antananarivo encadrés au sein du DRA/FOFIFA, contribuent dans la réalisation des activités mentionnés.
7. Résultats obtenus
Les activités de la phase II du projet a débuté au mois de Mai 2019 et est prévu pour une durée de 22 mois.
Au total, 23 sites (72 parcelles) sont prospectés. Les prospections ont été réalisées dans les districts de Majunga I et II (Région Boeny-5sites-21parcelles), Maevatanana (Région Betsiboka-1site-7parcelles), Mampikony, Port-Bergé et Antsohihy (Région Sofia-7sites-17parcelles) du 05 au 13 Juin 2019, dans les districts de Soavinandriana (Région Itasy-4sites-5parcelles) et de Sakay (Région Bongolava-1site-6parcelles) du 14 au 16 Août 2019, dans le district d’Ambatondrazaka (Région Alaotra Mangoro-3sites-14parcelles) du 20 au 22 Août 2019, et dans le district d’Anjozorobe (Région Analamanga-2sites-2parcelles) le 26 Août 2019. Au total, 339 souches de ceRs ont été isolées du tomate, piment, aubergine, aubergine africaine, tabac, poivron, morelle noire, pok pok, chou chinois, haricot, haricot vert et pomme de terre. La majorité des souches responsable de flétrissement sont du R. pseudosolanacearum phylotype I (n=309), isolées principalement sur Solanacées, localisées en basse altitude (8-42m) et en moyenne altitude (760-785m). R. pseudosolanacearum phylotype III (n=5) et R. solanacearum phylotype II (n=44) ont été aussi identifiés en moyenne altitude. Les enquêtes épidémiologiques ont permis de s’informer de l’incidence et la sévérité du flétrissement sur les cultures infectées. Les solanacées sont les plus touchées par R. pseudosolanacearum phylotype I en basse et moyenne altitude. La maladie se manifeste surtout en période pluviale limitant la production avec une perte de rendement pouvant aller de 50 à 100%. La présence de flétrissement sur arachide a été également évoqué par les paysans ainsi qu’un soupçon d’infection sur le « Black eyes », l’oignon et les cucurbitacées comme le concombre et la pastèque. Le cas de flétrissement sur pastèque est apparu l’année dernière dans la zone d’Ambatoatrano Sakay et constitue un fait nouveau pour les agriculteurs. Le dépistage du ceRs sur pastèque a été cependant négatif.
8. Conclusion
Le flétrissement bactérien causé par le complexe d’espèces Ralstonia solanacearum (ceRs) est bien présent dans les basses, moyennes et hautes altitudes de Madagascar et se retrouvent beaucoup sur Solanacées. Par ailleurs, le ceRs attaque des Légumineuses comme le haricot et haricot vert, et des brèdes de la famille des Brassicacées. La gamme d’hôte s’étend ainsi sur d’autres familles autre que les Solanacées. Cette information est utile pour améliorer la prise de décision pour la surveillance et la gestion du ceRs à Madagascar. L’infection du ceRs sur les autres légumineuses, alliacées comme l’oignon et les cucurbitacées tels que le concombre et le flétrissement de la pastèque méritent d’être étudiée vue l’importance de ces cultures dans la région prospectée.
Ce projet contribue dans la réalisation d’une thèse de doctorat 2019-2021, intitulé « Biologie des populations du complexe d’espèces Ralstonia solanacearum à Madagascar et dans le sud-ouest de l’océan indien » d’une étudiante malgache encadrée par CIRAD, UMR-PVBMT et FOFIFA. L’objectif de cette thèse est de déterminer la diversité génétique et phénotypique des souches ceRs dans la zone SOOI incluant Madagascar, et de connaître la structure et la dynamique évolutive de leurs populations, nécessaire à l’évaluation des risques associés à la maladie du flétrissement bactérien causée par le ceRs et le développement de stratégies de lutte efficaces.
9.Perspectives
Les prospections se poursuivront pour les autres régions au moment opportun pour l’apparition du flétrissement bactérien. L’étude de la diversité génétique et structure des populations des souches ceRs, les évaluations du comportement des ressources génétiques de Solanacées et des cultures d’importance économique à Madagascar vis-à-vis de la diversité de ceRs identifiée seront également entreprises.